【NGSハンズオン】データ解析環境R - Bioconductorの利用法

本家はこちら　http://togotv.dbcls.jp/ja/20151112.html 下記に内容の目次があります。 本日の統合TVは、2015年7月22日(水) ～ 8月6日(木)に開催された、バイオインフォマティクス人材育成カリキュラム 次世代シークエンサ(NGS)ハンズオン講習会 から、東京大学大学院農学生命科学研究科 門田 幸二 特任准教授 による「データ解析環境R - データ解析環境R - Bioconductorの利用法」をお送りします。約4時間46分です。 1. 前講義 (R基礎) の訂正〜Overrepresented seq. (例題4)〜 (0:00:20) 2. 本日の講義内容 (0:03:48) 3. パッケージ (0:04:40) 4. R 本体とパッケージの関係 (0:17:43) 5. CRAN と Bioconductor (0:19:10) 6. R 本体 と Bioconductor のバージョンアップ (0:21:57) 7. パッケージのインストール (0:26:58) 8. Bioconductor 概観 (0:30:13) 9. Bioconductor 概観〜library(XXX)〜 (0:55:02) 10. ゲノム配列パッケージ (BSgenome) 利用の意義 (1:02:19) 11. BSgenome (1:03:46) 12. BSgenome 〜質問「R での検索方法は?」〜 (1:10:41) 13. BSgenome 〜installed.genomes()〜 (1:22:15) 14. ヒトゲノム情報パッケージの解析〜BSgenome 例題9〜 (1:26:33) 15. ヒトゲノム情報パッケージの解析〜BSgenome 例題10〜 (1:43:42) 16. ヒトゲノム情報パッケージの解析〜BSgenome 例題9・26番目以降の配列について〜 (1:46:18) 17. プロモーター配列取得 (1:49:35) 18. プロモーター配列取得〜例題1〜 (1:52:45) 19. プロモーター配列取得〜例題3〜 (1:56:55) 20. プロモーター配列取得〜質問「自分達のサンプルを調べたい場合の方法は?」〜(2:00:33) 21. プロモーター配列取得〜Tips: sessionInfo〜 (2:02:34) 22. プロモーター配列取得〜パッケージのインストール〜 (2:06:01) 23. プロモーター配列取得〜バージョンの違い〜 (2:08:52) 24. プロモーター配列取得〜FASTA 形式ファイルと GFF3 形式ファイル〜(2:35:06) 25. プロモーター配列取得〜例題7〜 (2:37:49) 26. 質問「プロモーター配列の取得方法の違いについて」(2:52:19) 27. プロモーター配列取得〜データの型〜 (2:58:59) 28. library(help=パッケージ名) (3:14:01) 29. パッケージ概観 (3:18:21) 30. プロモーター配列取得〜例題7の目的をおさらい〜 (3:24:47) 31. 残りのコードを概説 (3:25:46) 32. プロモーター配列取得〜データの型〜 (3:28:08) 33. プロモーター配列取得〜例題8〜(3:33:56) 34. 遺言(3:36:09) 35. R を用いた検証例 (例題7、例題14) (3:39:19) 36. Linux を用いた検証例 (3:42:11) 37. 質疑応答 (3:46:10) 38. FASTQ ファイルの各種解析 (Linux と R を相補的に活用) (3:48:36) 39. FASTQ ファイル解析 (3:49:44) 40. FastQC と QuasR の実行結果 (3:51:11) 41. FastQC マニュアル (4:02:06) 42. FastQC (4:04:06) 43. FastQC のオプション (デフォルトと--nogroup あり) の違いによる Kmer Content 項目の結果の違い (4:12:35) 44. 様々な状況証拠を収集 (4:16:25) 45. QuasR (トリム前とトリム後) (4:21:06) 46. 末端塩基のトリム (例題4) (4:25:34) 47. 例外処理 (4:29:34) 48. R での検証 (4:40:01) #togotv#DBCLS#bioinformatics #togotv#DBCLS#bioinformatics

• #science_technology
• #dbcls
• #tv
• #togotv
• #lifescience
• #biology
• #database
• #tutorial
• #computer
• #technology
• #r_programming_language
• #bioconductor