معرفی سایت ucsu genom browser برای شناسایی ژن ها و توالی آن ها
32 بار بازدید -
3 سال پیش
-
وقتی که ما نیازمند شناسایی
وقتی که ما نیازمند شناسایی ژن های همسایه ژن هدف خود هستیم میتوانیم از سایت ucsu genom browser استفاده کنیم.
این سایت ابزارهای متفاوتی دارد که با توجه به هدف ما، به قسمت genom browser مراجعه میکنیم.
برای اینکه بتوانیم نوع جاندار و کروموزوم را تعیین کنیم از genom browser ، گزینه reset all user setting را انتخاب کرده و نام جاندار یا گونه خود را انتخاب می کنیم.
نکته قابل توجه دیگر این است که در قسمت assembly، محتوای ژنی استخراج شده از داوطلب های متفاوتی را قرار داده که آن که معمول تر است را میتوانیم انتخاب کنیم و نحوه تشخیص داوطلب معمول تر ، جستجو در مقالات می باشد.
در مرحله بعد باید نام ژن را بنویسیم، برای مثال وقتی نام ژن Sox را وارد می کنیم تعداد زیادی از انواع ژن sox می آورد که با توجه به هدف خود انتخاب میکنیم.
وقتی وارد صفحه اصلی شدیم،در قسمت بالا نمای کلی ژن روی کروموزوم و اینکه از چه بازه ای شروع شده و تمام می شود قابل مشاهده است.
بازه تعیین شده قابل تغییر است که میتوانیم با استفاده از آن همسایه های ژن هدف خود را مشاهده کنیم. اگر با این نکته مواجه شدید که از هر ژن تعداد زیادی مشاهده میکنید به خاطر ایزوفرم های هر ژن است. برای مثال یک آنزیم با افینیتی بالا و آنزیم دیگر با افینیتی پایین هردو محصول یک ژن با دو ایزوفرم متفاوت است.
با استفاده از آیکون های zoom in میتوان زوم شد و با دقت بیشتری مشاهده کرد و با zoom out میتوانیم صفحه را خلوت تر کنیم.
در پایین صفحه قسمت mapping and sequence، آیکون های متفاوتی برای تنظیمات وجود دارد برای مثال میتوان GC percent را در حالت dense قرار دهیم که به صورت نمودار کل توالی را نشان می دهد و در محل های AT ارتفاع نمودار صفر می شود.
یکی دیگر از تنظیمات در بخش gens and gens prediction می باشد. در این بخش ژن هایی که نمایش میابند را تنطیم می کنیم. برلی جلوگیری از شلوغ شدن صفحه و نمایش همه ژن ها حتی آنهایی که پروتئین کد کننده ندارند، همه گزینه ها را hide انتخاب می کنیم فقط refsequence را full می گذاریم.
3 سال پیش
در تاریخ 1400/01/12 منتشر شده
است.
32
بـار بازدید شده